Introduction

F*EX est un outil sous licence GPL développé par Ulli Horlacher (http://fex.rus.uni-stuttgart.de/).

Sa particularité est d'offrir une interface en ligne de commande (que nous abrégerons en CLI pour "Command Line Interface") en plus de l'interface web. Cette CLI est directement utilisable à partir de tars.pasteur.fr ou bien de votre propre machine si votre système d'exploitation est supporté.

Nous allons aborder l'utilisation de cet outil dans cette petite documentation dans le cadre de l'envoi d'un fichier à un destinataire extérieur. Voici les différentes étapes :

  1. la création d'un compte F*EX
  2. réception du mail de confirmation et activation du compte
  3. changement éventuel du "Auth-Id", sorte de mot de passe associé à votre compte
  4. configuration des commandes fex sur rars.pasteur.fr
  5. envoi du fichier : $ fexsend monfichier email_destinaire !

Les 3 premières étapes ne seront qu'à effectuer une seule fois. La quatrième est à effectuer à chaque fois que vous configurez F*EX sur une nouvelle machine pour l'envoi de fichier.

Manipulation à effectuer lors de la création du compte (1 seule fois)

Création et activation d'un compte F*EX

  • Il faut indiquer son adresse de messagerie Pasteur dans la zone prévue à cet effet. Le domaine @pasteur.fr est ajouté automatiquement. Cette page est uniquement accessible à partir du réseau de l'Institut.

  • F*EX envoie alors un mail de confirmation de la bonne création du compte à l'adresse indiquée :

  • On vérifie dans sa boîte email :

  • On clique sur le lien proposé pour activer effectivement le compte. Cette page contient un "Auth-ID" qui a été généré automatiquement. Il est important de le retenir pour les prochaines étapes.

  • Sur la page de confirmation d'activation du compte, on clique sur le lien proposé afin d'accéder à la zone de configuration de son compte. On entre son adresse et l'Auth-ID avant de cliquer sur check ID and continue.

  • On accède à la zone de configuration en cliquant sur user config & operation control :

  • On peut changer son "Auth-ID" si on le souhaite.
    On valide avec la touche "Entrée"
    :

  • Le changement est validé :

Configuration des commandes fex sur les machines

L'envoi de fichier avec F*EX se fait avec la commande fexsend. Sur tars.pasteur.fr, fexsend est déjà à votre disposition.
Sur une autre machine, il vous faut copier un script perl dans un répertoire que vous devez ajouter dans votre variable $PATH

Vous pouvez aussi utiliser ces commandes directement sur votre machine (GNU/Linux or Mac) : http://dl.pasteur.fr/tools.html

La première étape va être la configuration de votre environnement F*EX. C'est très simple, tout se fait avec la commande fexsend :

$ fexsend -I
F*EX server URL: http://dl.pasteur.fr
proxy address (hostname:port or empty if none): 
Your e-mail address as registered at http://dl.pasteur.fr: loginname@pasteur.fr
Your auth-ID for loginname@pasteur.fr at http://dl.pasteur.fr: mysecretid
data written to /pasteur/homes/loginname/.fex/id

Premier paramètre : http://dl.pasteur.fr
Deuxième paramètre : on laisse vide
Troisième : l'adresse email que vous avez utilisé pour vous enregistrer sur F*EX
Quatrième : votre 'Auth-ID'

Ce qui donne en image :

Pour éditer votre configuration à nouveau : fexsend -I .

Par exemple, si vous avez changé votre Auth-ID ou si vous avez eu besoin de re-créer un compte. Pas de synchronisation automatique des Auth-ID entre l'interface graphique et le fichier de configuration.

Envoi d'un fichier

Upload d'un fichier

La majorité du temps, la commande fexsend s'utilise comme suit : fexsend fichier email_destinataire

Il est vivement conseillé de créer une archive via la commande tar. Exemple:

login@mac /tmp $ tar -zcvf  archive_fastq.tgz   ~/test-data/s_7*
/home/login/test-data/s_7_1_sequence.ext.txt
/home/login/test-data/s_7_2_sequence.ext.txt
login@mac /tmp $ ll -h archive_fastq.tgz 
-rw-rw---- 1 login login 137K 2011-02-07 17:23 archive_fastq.tgz

login@mac /tmp $ fexsend  archive_fastq.tgz prenom.nom@pasteur.fr

Je vous conseille de vous placer en destinataire. Vous recevrez ainsi un mail de confirmation avec l'URL de téléchargement que vous serez libre d'intégrer dans un message à votre convenance.

Voici un exemple :

Une fois l'upload terminé, vous pouvez voir qu'une URL de téléchargement vous est proposée. Libre à vous de la diffuser sous la forme qui vous convient. Vous recevrez un message de confirmation par email :

Le fichier sera détruit automatiquement au bout de 7 jours (nous pouvons le modifier).

Il y a actuellement 1 To de disponible pour l'ensemble des utilisateurs de ce service.

Suppression d'un fichier déjà envoyé

Pour une raison ou une autre, vous pouvez souhaiter supprimer un fichier, notamment pour récupérer de la place une fois que vous êtes sûr que votre correspondant a récupéré le fichier. Pour cela, il suffit de vous rendre sur la page d'accueil de F*EX et cliquer sur User account options. Sur la page résultante, cliquer sur Retrieve a list of all your received files :

La page suivante vous permet de voir tous les fichiers que vous avez uploadés. Il suffit alors de cliquer sur delete pour le supprimer :

Options de fexsend

Il existe des options très intéressantes, mais la plupart sont à utiliser avec parcimonie.

  1. la limite de rétention des fichiers est fixé à 7 jours, cela ne sert à rien de spécifier une période supérieure via l'option -k
  2. l'option "-a" peut être intéressante pour envoyer plusieurs fichiers ou un dossier en une seule commande via la création d'une archive. Les archives de types ".tar" et ".tgz" sont construites et envoyées à la volée, alors que les autres format ".7z" et ".zip" utilisent de l'espace temporaire dans $HOME/.fex/tmp. Votre $HOME se trouve sur un serveur de stockage distant sauvegardé et snapshoté, cela peut poser certains problèmes.
    Ne pas utiliser l'option -a sur les serveurs de l'Institut avec les format ".zip" et ".7z".

Example d'utilisation de l'option "-a" pour envoyer un dossier. On utilise le format ".tar" ou ".tgz" pour éviter la création d'un (gros) fichier temporaire:

  1. fexsend -a mesimages.tar Images/

home.png (115 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:01 PM

change-authid.png (75.4 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

change-authid-ok.png (52.5 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

fexsend-upload.png (26 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

registration.png (52.6 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

registration-confirmation-change-authid.png (78.3 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

registration-confirmation-ok.png (54.3 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

registration-mail-confirmation.png (41.5 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

registration-ok.png (48.7 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

user-config.png (63 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:02 PM

upload-confirmation.png (58.4 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 01:48 PM

deletefile.png (76.8 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 04:40 PM

deletefile-choice.png (60.6 KB) Jean-Baptiste Denis, 02/04/2011 04:40 PM

fexsend-configuration.png (18.8 KB) Jean-Baptiste Denis, 08/26/2011 02:35 PM